当公司员工查出有职业病时，公司应当立即采取一系列全面而细致的措施来妥善处理这一问题。以下是为公司提供的一份详细处理指南：
一、确保医疗救治与关怀
及时医疗救治：公司应确保员工得到及时、专业的医疗救治，以减轻其病情并保障生命安全。需安排员工前往指定的医疗机构接受治疗，并提供必要的医疗费用支持。
关怀与沟通：积极与员工及其家属进行沟通，详细了解员工的病情和治疗进展，同时告知其应享有的权益和待遇，以消除员工的疑虑和不安，增强对公司的信任感。
二、工伤认定与保险申请
申请工伤认定：根据相关法律法规，公司需为员工申请工伤认定。这通常涉及提交职业病诊断证明、工作场所职业病危害因素检测报告等相关证明材料至当地劳动行政部门。
工伤保险待遇申请：在工伤认定后，公司应协助员工或其家属向劳动行政部门提出工伤保险待遇申请，确保员工能够获得应有的医疗和经济补偿。
三、加强职业病防治
改善工作环境：公司应深入分析职业病发生的原因，采取有效措施改善工作环境，如降低有害因素浓度、增加通风设施等，以预防和减少职业病的发生。
提供劳动保护：为员工提供必要的劳动保护用品，如防尘口罩、防护服等，并确保其正确使用。
职业卫生培训：加强员工的职业卫生培训，提高其对职业病危害的认识和自我保护能力。
四、应对疑似职业病情况
安排诊断与鉴定：一旦员工被诊断为疑似职业病，公司应立即安排其进行进一步的职业病诊断或鉴定，并在此期间保障员工的劳动合同不被解除或终止。
及时报告与配合：迅速向所在地卫生行政部门报告员工疑似职业病的情况，并提供详细的职业史和接触危害因素的具体信息。同时，全力配合诊断、鉴定工作，主动提供必要的资料。
五、法律责任与赔偿
承担法律责任：若员工最终被确诊为职业病，公司需依法承担工伤赔偿责任，包括医疗费用、伤残津贴等。
改善与预防：除赔偿外，公司还需采取有效措施改善工作环境，预防类似职业病的再次发生。否则，可能会面临更严厉的法律处罚。
综上所述，当公司员工查出有职业病时，公司应秉持负责任的态度，全面、细致地处理好每一个环节，确保员工的合法权益得到保障，同时加强职业病防治工作，为员工创造一个健康、安全的工作环境。