当员工被诊断出患有职业病时，公司会按照相关法律法规进行一系列的处理。以下是一个详细且清晰的解答流程：

一、确认职业病与工伤关系

首先，需要明确的是，职业病属于工伤的一种。根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在职业活动中因接触粉尘、放射性物质和其他有毒、有害因素而引起的疾病，被认定为职业病后，即视为工伤。

二、公司应采取的行动

1. 及时提出工伤认定申请：

   • 公司应在员工被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 如果公司未在规定时限内提出申请，员工或其近亲属、工会组织也可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接提出工伤认定申请。

2. 配合工伤认定调查：

   • 在工伤认定过程中，公司需要配合社会保险行政部门的调查核实工作，提供必要的证据和材料。

3. 承担相应责任：

   • 如果员工被认定为工伤，公司将依法承担工伤保险责任。这包括支付工伤保险基金承担范围外的费用，如五-六级伤残津贴、一次性就业补助金、停工留薪期工资等。

三、工伤保险基金承担的费用

• 伤残补助金：根据伤残等级，由工伤保险基金支付一次性伤残补助金。
• 1-4级伤残津贴：按月支付伤残津贴。
• 工伤医疗补助金：5-10级伤残由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金。
• 治疗工伤期间的费用：符合工伤保险赔付标准的，由工伤保险基金支付。
• 住院伙食费、交通、食宿费：由工伤基金支付。
• 残疾辅助器具费：经劳动能力鉴定委员会确认后，由工伤保险基金支付。
• 生活护理费：根据生活自理能力程度，由工伤基金按月支付。
• 工伤复发费用：确认需要治疗的，享受工伤医疗费、辅助器具费等。
• 因工死亡赔偿标准：包括丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金。

四、公司需承担的费用

• 五-六级伤残津贴：对于难以安排工作的职工，由公司按月发给伤残津贴。
• 一次性就业补助金：根据伤残等级，由公司支付一次性就业补助金。
• 停工留薪期工资：在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由公司按月支付。

五、注意事项

• 公司应依法为员工缴纳工伤保险，以减轻自身负担并保障员工权益。
• 如果公司未依法缴纳工伤保险，将需要承担所有工伤保险责任和相关费用。
• 在处理职业病工伤事件时，公司应保持与员工的良好沟通，确保员工的合法权益得到保障。

综上所述，当员工被诊断出患有职业病时，公司应按照相关法律法规及时提出工伤认定申请，并配合调查核实工作。同时，公司需要承担工伤保险基金承担范围外的费用，并确保员工的合法权益得到充分保障。