单位支付了医疗费但不愿申请工伤，可能会面临一系列法律后果。以下是具体的分析：

1. 工伤认定的法律义务：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，用人单位有义务在员工发生工伤事故后，及时申请工伤认定。这是用人单位的法定义务，不因支付医疗费而免除。

2. 未申请工伤认定的后果：

   • 无法享受工伤保险待遇：如果用人单位未按规定申请工伤认定，员工将无法享受工伤保险提供的各项待遇，包括但不限于医疗费用、康复费用、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
   • 用人单位承担全部责任：在未被认定为工伤的情况下，员工因工作遭受的伤害将被视为一般民事侵权，用人单位可能需要承担全部的赔偿责任，包括医疗费用、误工损失、残疾赔偿金等。
   • 面临行政处罚：用人单位未按规定申请工伤认定的，还可能面临社会保险行政部门的行政处罚，包括罚款、责令改正等。

3. 员工权益保护：

   • 员工在发生工伤事故后，即使用人单位支付了医疗费，也有权要求用人单位申请工伤认定。如果用人单位拒绝申请，员工可以自行向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 在工伤认定过程中，员工有权提供必要的证据材料，并配合社会保险行政部门的调查。一旦工伤被认定，员工将有权享受工伤保险提供的各项待遇。

综上所述，单位支付了医疗费但不愿申请工伤，可能会面临员工无法享受工伤保险待遇、用人单位承担全部赔偿责任以及面临行政处罚等法律后果。因此，建议用人单位在员工发生工伤事故后，及时履行申请工伤认定的法定义务，以保障员工的合法权益和减轻自身的法律责任。