关于自然村停车位收费是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况进行综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、合法性的判断依据
法律法规与民主决策：
- 根据《中华人民共和国村民委员会组织法》，涉及村民利益的事项，如村集体经济所得收益的使用，需经村民会议或村民代表会议讨论决定。因此，如果自然村收取停车费已经过这样的民主决策程序，并且获得法定多数同意，那么此收费行为在程序上是合法的。
政府授权与物价管理：
- 若相关法律法规未直接规定，自然村需获得政府的明确授权或批准方可收取停车费，并且必须遵守当地物价管理规定，包括收费标准的制定、公示以及收费票据的使用等。
提供相应服务：
- 收取停车费应伴随着提供相应的停车服务，如车位管理、安全保障、维护停放秩序等。如果只收费不提供服务，或者服务质量与收费标准不匹配，那么收费的合法性可能会受到质疑。
不侵犯他人权益：
- 收费行为不得侵犯村民或其他主体的合法权益，如在非村集体土地上设置停车场并收费，或影响公共交通的正常通行等，否则将构成违法。
二、合法与不合法的具体情况分析
可能合法的情况：
- 自然村通过合法的民主决策程序决定收取停车费，且所收费用用于村内公共事务、基础设施建设等合理用途。
- 自然村对停车区域进行了有效的管理和服务，并遵守了物价管理规定。
可能不合法的情况：
- 未经村民会议或村民代表会议讨论决定，擅自收取停车费。
- 收费目的不是为了村内公共事务或村民利益，或收费过程中不公开透明。
- 收费标准过高，未按规定备案，或未提供相应的服务。
- 在非村集体土地上设置停车场并收费，或影响公共交通的正常通行。
三、建议与总结
对于自然村而言，在决定收取停车费之前，应确保已经过合法的民主决策程序，并获得政府的授权或批准。同时，应遵守物价管理规定，制定合理的收费标准，并提供相应的停车服务。对于村民而言，如果对收费行为有疑问或不满，可以通过查询相关法律依据、咨询法律专业人士或向相关部门反映等方式来维护自己的合法权益。
综上所述，自然村停车位收费的合法性需要根据具体情况进行综合判断。在实际操作中，应遵循法律法规、尊重村民意愿、确保收费合理透明，以促进和谐稳定的乡村治理环境。