仲裁协议约定两个仲裁机构时，当事人可以协议选择其中一个仲裁机构申请仲裁；若不能就仲裁机构选择达成一致，则仲裁协议无效。
具体来说：
协议选择的有效性：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》的相关规定，如果仲裁协议中约定了两个或两个以上的仲裁机构，当事人之间可以进一步协议选择其中的一个仲裁机构进行仲裁。这意味着，只要双方能够就仲裁机构的选择达成一致，那么该仲裁协议就是有效的，当事人可以依据该协议向所选的仲裁机构申请仲裁。
无法达成一致时的无效性：然而，如果当事人之间无法就仲裁机构的选择达成一致，那么该仲裁协议将被视为无效。在这种情况下，当事人不能依据该仲裁协议向任何仲裁机构申请仲裁，而需要通过诉讼等其他途径来解决他们之间的纠纷。
综上所述，仲裁协议中约定两个仲裁机构时，其效力取决于当事人之间能否就仲裁机构的选择达成一致。因此，在签订仲裁协议时，建议当事人尽量明确仲裁机构的选择，以避免后续可能出现的纠纷和不确定性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。