公司扣除保修金是否合法，需根据具体情况判断。
保修金通常是在劳动合同或相关协议中约定的一种保证金，用于确保员工在保修期内履行其保修义务。以下是对公司扣除保修金合法性的分析：
合同约定情况：
- 如果劳动合同或相关协议中明确规定了保修金的扣除条件、金额以及用途，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣除保修金是合法的。
- 员工在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，了解保修金的相关规定，并在自愿的基础上接受这些规定。
无合同约定或约定不明情况：
- 如果劳动合同或相关协议中没有关于保修金的约定，或者约定不明确，公司擅自扣除保修金则可能构成违法行为。
- 在这种情况下，员工可以依据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，维护自己的合法权益，要求公司返还被扣除的保修金。
扣除金额与实际情况不符情况：
- 即使劳动合同中有关于保修金的约定，但如果公司扣除的金额与实际应扣除的金额不符，或者公司未能提供充分的证据证明员工存在需要扣除保修金的情况，那么公司的扣除行为也可能构成违法行为。
法律建议：
- 对于员工而言，在签订劳动合同时，应当仔细审查合同条款，特别是关于保修金的规定，确保自己的权益不受侵害。
- 如果公司擅自扣除保修金或扣除金额与实际不符，员工可以向公司提出质疑，并要求公司提供相应的证据和解释。
- 如果无法协商解决，员工可以向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司扣除保修金的合法性取决于劳动合同或相关协议中的约定以及实际情况。如果员工对公司的扣除行为有异议，应当及时咨询专业律师或相关机构，以维护自己的合法权益。