扣除软件公司质保金是否合法，取决于具体的合同约定以及法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定：

   • 质保金是合同双方为了保证工程质量或服务质量而约定的一种保证金。如果软件公司与发包方在合同中明确约定了质保金的扣除条款，包括扣除的条件、比例、方式等，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定扣除质保金是合法的。
   • 如果合同中没有约定质保金的扣除，或者约定的扣除条款不明确、不合法，那么发包方单方面扣除质保金将构成违约，软件公司有权要求返还并追究其违约责任。

2. 法律法规规定：

   • 根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，合同双方应当遵循平等、自愿、公平、诚实信用的原则订立和履行合同。任何一方不得擅自变更或解除合同，除非双方协商一致或者依据法律规定。
   • 如果法律法规对质保金的扣除有特别规定，如需要满足特定条件、经过特定程序等，那么发包方在扣除质保金时必须遵守这些规定。否则，其扣除行为将可能构成违法。

3. 实际情况分析：

   • 在实际操作中，扣除质保金往往与工程质量、服务质量、维修责任等紧密相关。如果软件公司提供的软件产品或服务存在质量问题，或者未按照合同约定履行维修责任等，发包方有权依据合同约定和法律法规规定扣除相应的质保金。
   • 但是，如果发包方无故拖延支付工程款或恶意扣除质保金，软件公司可以通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，扣除软件公司质保金是否合法取决于具体的合同约定以及法律法规的规定。在签订合同前，双方应当明确约定质保金的扣除条款，并确保其合法性和有效性。在合同履行过程中，双方应当严格遵守合同约定和法律法规规定，确保各自的权益得到保障。如有任何争议或纠纷，建议及时咨询专业律师进行解决。