员工工资计算方式有问题，员工有权追回差额部分。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 工资计算方式错误的法律性质

1. 错误性质：根据《劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果工资计算方式存在错误，导致劳动者所得工资低于应得数额，这实际上构成了对劳动者工资的克扣。
2. 法律后果：用人单位应当按照正确的工资计算方式补发差额部分，且可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金等。

二. 追回差额的途径

1. 协商：首先，劳动者可以与用人单位进行协商，要求用人单位按照正确的工资计算方式补发差额部分。
2. 投诉：如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对用人单位的违法行为进行调查和处理。
3. 仲裁或诉讼：如果劳动者对劳动监察部门的处理结果不满意，或者用人单位拒绝履行补发差额的义务，劳动者可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

三. 实际操作建议

1. 保留证据：劳动者在追回差额之前，应当收集并保留好所有与工资计算方式错误相关的证据，如工资条、劳动合同、银行流水等。
2. 及时行动：劳动者在发现工资计算方式错误后，应当及时采取行动，避免因为拖延而导致证据丢失或者超过法定的申诉期限。

我建议，劳动者在发现工资计算方式有问题时，应当积极维护自己的合法权益，通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径追回差额部分。同时，用人单位也应当加强内部管理，确保工资计算方式的准确性和合法性，避免因为计算错误而引发不必要的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。