关于工程款未按合同支付时违约金的支付方式，这主要依赖于合同中的具体约定以及相关的法律法规。以下是对此问题的详细解答：

一、违约金的支付方式

1. 按合同约定执行：

   • 如果施工合同中明确规定了违约金数额或计算方式，那么应当按照合同的约定来执行。
   • 如果合同约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构根据实际情况进行调整。通常，如果约定的违约金超过造成损失的30%，可能会被认定为过高。

2. 未约定时的处理方式：

   • 如果合同中未明确约定违约金，那么违约金的计算可以参照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
   • 当事人也可以主张以全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率为基础，加计30%-50%来计算逾期付款损失，这种方式在司法实践中可能会得到法院的支持。

二、违约金的支付与后续处理

1. 支付义务：

   • 一旦确定了违约金的数额，违约方应当按约定或判决来支付违约金。
   • 支付违约金后，违约方还应当继续履行原合同中的债务，即支付工程款。

2. 协商与诉讼：

   • 在处理此类纠纷时，建议首先通过协商的方式解决，双方可以就违约金的数额和支付方式达成和解。
   • 如果协商不成，受损方可以通过诉讼的方式向法院提起诉讼，要求违约方支付违约金并赔偿因此造成的损失。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。

综上所述，工程款未按合同支付时的违约金支付方式应当遵循合同中的约定，并在必要时通过协商或诉讼来解决纠纷。在处理过程中，建议当事人收集相关证据，以便更好地维护自己的合法权益。