关于农民工工资支付条例行政处罚难以实施的原因，我目前还没有遇到过特别难以处理的案例，但根据我的日常工作经验和法律理解，我认为可能存在以下几个方面的原因：
法律法规不完善或不明确：虽然《保障农民工工资支付条例》等法律法规对农民工工资支付进行了规范，但在实际操作中，一些条款可能过于笼统或不够明确，导致执法人员在具体执行时面临困难。比如，对于某些违法行为的处罚标准、证据认定等方面可能存在模糊地带，影响了行政处罚的有效实施。
执法力度和资源不足：劳动监察部门作为执行农民工工资支付条例的主要机构，其执法力度和资源分配对于行政处罚的实施至关重要。然而，在实际操作中，由于执法力量有限、资源分配不均等原因，可能导致对违法行为的查处不够及时、全面，从而影响了行政处罚的威慑力和效果。
用人单位法律意识淡薄：部分用人单位对农民工工资支付条例等法律法规缺乏足够的了解和重视，存在侥幸心理或故意规避法律的行为。这些用人单位可能未严格按照条例要求执行，导致农民工工资被拖欠或克扣，而执法部门在对其进行处罚时也可能面临一定的阻力和困难。
农民工维权意识不强：虽然近年来农民工的维权意识有所提高，但仍有一部分农民工对自身的合法权益了解不够，或者在面临工资被拖欠等问题时选择忍气吞声，没有及时向执法部门举报或寻求法律援助。这也使得一些违法行为得以逃避法律的制裁。
综上所述，农民工工资支付条例行政处罚难以实施的原因可能涉及多个方面，包括法律法规的完善性、执法力度和资源、用人单位的法律意识以及农民工的维权意识等。为了有效解决这些问题，需要政府、执法部门、用人单位和农民工等多方共同努力，加强法律法规的宣传和执行力度，提高各方的法律意识和维权能力。如果你在这方面遇到了具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。