针对拖欠工程款引起的农民工工资问题，相关处罚措施及法律后果如下，我将从行政处罚、刑事责任以及特殊情形处理三个角度为您详细阐述：

一、行政处罚

1. 责令限期改正：

   • 当用人单位存在拖欠农民工工资的行为时，人力资源社会保障行政部门会首先责令其限期支付所拖欠的工资。这是行政处罚的第一步，旨在促使用人单位尽快履行支付义务。

2. 加付赔偿金：

   • 如果用人单位在责令限期改正后仍未支付拖欠的工资，那么人力资源社会保障行政部门将责令其按应付金额50%以上100%以下的标准向农民工加付赔偿金。这一措施旨在通过经济惩罚来促使用人单位尽快支付工资。

3. 罚款：

   • 对于用人单位以实物或有价证券等代替货币支付工资、未编制工资支付台账并依法保存或未向农民工提供工资清单、扣押或变相扣押用于支付工资的社会保障卡或银行卡等行为，人力资源社会保障行政部门将责令其限期改正；逾期不改正的，将对单位处2万元以上5万元以下的罚款，对法定代表人或者主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员处1万元以上3万元以下的罚款。

4. 列入失信联合惩戒名单：

   • 如果施工总承包单位存在储备工资保证金后未按规定使用、未实行劳动用工实名制管理等情况，并且经责令限期改正但逾期不改的，那么该单位将面临降低资质等级、吊销资质证书等处罚，并被列入失信联合惩戒名单。这将对其未来的经营活动产生严重影响。

二、刑事责任

1. 拒不支付劳动报酬罪：

   • 如果用人单位以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，且数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，那么将构成拒不支付劳动报酬罪。根据情节轻重，可处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 单位犯罪：

   • 如果单位犯前款罪，即拒不支付劳动报酬罪，那么将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。这意味着单位犯罪不仅会对单位本身造成经济惩罚，还会对相关责任人员产生法律后果。

三、特殊情形下的处理

1. 不具备合法经营资格的单位或个人：

   • 如果不具备合法经营资格的用人单位招用农民工，并且农民工已付出劳动而未获得工资，那么应由该单位或其出资人承担清偿责任。这是为了保护农民工的合法权益，确保他们能够获得应得的工资。

2. 合伙企业、个人独资企业等特殊主体：

   • 对于合伙企业、个人独资企业、个体经济组织等用人单位拖欠农民工工资的情况，如果不清偿，那么将由出资人依法清偿。这同样是为了保障农民工的工资权益。

3. 用人单位合并或分立：

   • 当用人单位合并或分立时，应在实施前清偿拖欠的农民工工资；如果经与农民工书面协商一致，也可以由合并或分立后承继其权利和义务的用人单位清偿。这一规定确保了农民工工资的连续性和稳定性。

4. 用人单位解散或破产：

   • 如果用人单位被依法吊销营业执照或登记证书、被责令关闭、被撤销或依法解散的，那么应在申请注销登记前清偿拖欠的农民工工资；如果未清偿，主管部门或登记机关将不予办理注销登记，并通知相关部门依法处理。这一措施旨在防止用人单位通过解散或破产来逃避支付农民工工资的责任。

综上所述，拖欠工程款引起的农民工工资问题将受到严格的行政处罚和刑事责任追究，同时在特殊情形下也有相应的处理措施。如果您或您身边的农民工朋友遇到了此类问题，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。