农民工工资支付比例低，可能的原因主要涉及用人单位的违法行为、经济困难以及管理不善等方面。具体分析如下：

一. 用人单位的违法行为

1. 克扣或者无故拖欠工资：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果用人单位违反这一规定，就会导致农民工工资支付比例低。
2. 未按照约定支付工资：根据《劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位未按照约定支付工资，同样会导致农民工工资支付比例低。

• 例如，有些用人单位会故意拖延工资发放时间，或者以各种理由扣减农民工的工资，从而导致实际支付的工资比例低于约定。

二. 用人单位经济困难

1. 经营状况不佳：如果用人单位经营状况不佳，资金链紧张，可能无法按时足额支付农民工工资。
2. 项目款项未回笼：对于一些依赖项目款项回笼来支付工资的企业，如果项目款项未及时回笼，也可能导致农民工工资支付比例低。

• 例如，在建筑行业中，如果开发商未按时支付工程款，施工单位可能就无法按时支付农民工的工资。

三. 管理不善

1. 工资管理混乱：用人单位如果工资管理混乱，如记录不清、计算错误等，也可能导致农民工工资支付比例低。
2. 缺乏有效的监督机制：如果用人单位缺乏有效的监督机制来确保工资按时足额支付，就可能出现工资支付比例低的情况。

• 例如，有些用人单位在财务管理上存在漏洞，导致工资计算不准确或者发放不及时。

综上所述，农民工工资支付比例低的原因可能涉及用人单位的违法行为、经济困难以及管理不善等多个方面。为了保障农民工的合法权益，我建议相关部门应加强监管力度，对违法行为进行严厉打击；同时，用人单位也应加强内部管理，确保工资按时足额支付给农民工。如有进一步需要，您可以继续咨询我。