用人单位不能仅通过制度的改变来降低员工工资。下面我将对此进行详细分析：

一. 制度改变与工资调整的关系

1. 制度改变的合法性：公司有权根据自身经营情况等自主管理公司内部事宜，包括制定和修改规章制度。但这种权力的行使必须遵守法律法规，不能侵犯劳动者的合法权益。
2. 工资调整的合法性：工资是劳动者与用人单位之间劳动合同的重要内容。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位如需调整工资，应当与劳动者协商一致，除非能举证证明劳动者不能胜任岗位或经培训后依然不能胜任，否则单方面降低工资属于违法行为。

二. 制度改变降低工资的法律后果

1. 损害劳动者权益：如果用人单位通过制度改变来单方面降低员工工资，这实际上是对劳动者合法权益的侵害，违反了《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条第一款第四项的规定，即用人单位的规章制度违反法律、法规规定，损害劳动者权益的，劳动者有权解除劳动合同。
2. 经济补偿金的支付：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定，如果劳动者因用人单位的规章制度违反法律、法规规定而解除劳动合同，用人单位应当向劳动者支付经济补偿金。

三. 实际案例分析

• 以张某与甲公司的案件为例，甲公司利用规章制度将张某的工资降低，并调整其工作岗位。法院最终认定，甲公司的行为实质上侵害了张某作为劳动者的合法权利，判决甲公司支付经济补偿金和一次性伤残就业补助金。

我建议：用人单位在调整员工工资时，应严格遵守法律法规，与劳动者进行充分协商，确保调整行为的合法性和合理性。如果劳动者遇到用人单位单方面降低工资的情况，可以依法维护自己的权益，包括要求经济补偿等。如有进一步需要，您可以继续咨询我。