公司保安用扫描仪扫描员工，这一行为的合法性取决于扫描的目的、方式以及是否侵犯了员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法扫描的情形：

   • 如果公司出于安全管理、防止盗窃或保护公司财产等正当目的，且扫描方式合理（如仅扫描员工携带的物品，而非员工身体），并且事先告知员工并获得其同意，那么这种扫描行为可能是合法的。
   • 另外，如果扫描是为了配合政府部门的检查或调查，且符合相关法律法规的规定，那么也是合法的。

2. 非法扫描的情形：

   • 如果公司保安无故扫描员工身体或私人物品，或者扫描方式侵犯了员工的隐私权、人身权等合法权益，那么这种扫描行为就是非法的。
   • 如果扫描行为没有明确的法律依据或违反了相关法律法规的规定（如未经员工同意擅自扫描、扫描内容超出合理范围等），那么也是非法的。

3. 法律建议：

   • 对于公司而言，应明确扫描的目的和方式，并确保其合法性和合理性。在实施扫描前，应告知员工并获得其同意，同时确保扫描行为不侵犯员工的合法权益。
   • 对于员工而言，如果认为公司的扫描行为侵犯了自己的合法权益，可以向公司提出异议并要求停止侵权行为。如果公司不予理会，员工可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，公司保安用扫描仪扫描员工的合法性取决于多个因素，包括扫描的目的、方式以及是否侵犯了员工的合法权益。在实际操作中，应确保扫描行为的合法性和合理性，以避免可能的法律纠纷。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。