当您在体制内工作中发现公司存在违法行为时，您可以按照以下步骤进行处理：

一、初步核实与确认

1. 收集证据：首先，您需要尽可能地收集与公司违法行为相关的证据。这些证据可以包括文件、电子邮件、聊天记录、财务报表等。确保您收集的证据是真实、可靠且具有说服力的。

2. 确认违法行为：在收集到足够证据后，您需要仔细分析这些证据，确认公司确实存在违法行为。这可能涉及对法律法规的深入研究，以确定公司的行为是否违反了相关法律法规。

二、内部报告与沟通

1. 向直接上级报告：如果您确认公司存在违法行为，您应该首先向您的直接上级或相关部门负责人报告。在报告时，请提供您收集的证据，并详细说明您的发现和担忧。

2. 寻求内部解决：与上级或相关部门负责人讨论可能的解决方案，看是否可以通过内部程序纠正违法行为。这可能包括改进管理制度、加强合规培训或采取其他纠正措施。

三、外部举报与寻求帮助

1. 向监管部门举报：如果公司内部无法解决问题，或者您认为违法行为严重到需要外部干预，您可以向相关监管部门（如国资委、工商局、税务局等）进行举报。在举报时，请提供详细的证据和情况说明。

2. 寻求法律援助：如果您担心个人权益受到侵害，或者需要专业法律意见来指导您的行动，您可以咨询律师或法律援助机构。他们可以为您提供法律建议和支持。

四、配合调查与处理

1. 配合调查：如果监管部门或公司内部开始调查违法行为，您需要积极配合调查工作，提供所需的信息和证据。

2. 接受处理结果：一旦调查结束并作出处理决定，您需要接受并遵守处理结果。这可能包括对公司进行处罚、对责任人进行追责等。

五、注意事项

1. 保护个人权益：在处理过程中，请确保您的个人权益得到保护。如果您担心受到报复或威胁，可以寻求相关部门的帮助和支持。

2. 保持冷静与理性：面对违法行为时，请保持冷静和理性。不要采取过激行动或泄露敏感信息，以免对自己或公司造成不必要的损失。

总之，当您在体制内工作中发现公司存在违法行为时，您应该积极采取行动来纠正问题。通过内部报告、外部举报和配合调查等方式，您可以为公司的合规经营和健康发展做出贡献。