劳动者提出辞职，不能因其负责人事档案管理交接不利而不批准。以下是详细分析：

一. 劳动者辞职权利

1. 辞职是劳动者的法定权利：根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是劳动者的法定权利，用人单位不能无故剥夺。
2. 辞职不需用人单位批准：劳动者只要按照法律规定提前通知用人单位，即可解除劳动合同，无需用人单位的批准。

二. 人事档案管理交接不利

1. 交接不利不构成不批准辞职的理由：人事档案管理交接不利是劳动者在工作中的具体表现，与辞职权利无直接关联。用人单位不能因劳动者在工作中存在不足或错误，而剥夺其辞职权利。
2. 交接不利应另行处理：如果劳动者在人事档案管理交接中存在不利情况，用人单位应依据公司规章制度或相关法律法规进行另行处理，如要求劳动者承担相应责任、进行处罚等，但不能以此为由不批准辞职。

三. 总结与建议

• 总结：劳动者提出辞职是其法定权利，用人单位不能因人事档案管理交接不利而不批准。辞职与交接工作是两个独立的事项，应分别处理。
• 建议：用人单位在面对劳动者辞职时，应依法办理离职手续，同时对于交接不利的情况，应依据公司规章制度或相关法律法规进行妥善处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。