签了灵活用工协议但实际上按全日制工作，你仍然有可能申请劳动仲裁。具体情况分析如下：

1. 协议与实际工作性质不符：

   • 你与公司签订的灵活用工协议，若在实际履行中，公司安排你按照全日制的工作时间、工作内容进行工作，这实际上已经改变了原有的用工性质。
   • 在这种情况下，如果公司未能按照全日制用工的法律规定为你提供相应的劳动待遇（如社会保险、加班费、年休假等），则可能构成对你的权益侵害。

2. 劳动仲裁的适用性：

   • 劳动仲裁是解决劳动争议的一种法定程序，适用于用人单位与劳动者之间因劳动权利义务关系发生的争议。
   • 即便你与公司签订了灵活用工协议，但如果实际履行中双方的权利义务关系已经发生了实质性变化，且这种变化对你造成了不利影响，你仍然有权提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。

3. 申请劳动仲裁的注意事项：

   • 在申请劳动仲裁前，建议你先与公司进行协商，尝试通过和解的方式解决争议。
   • 如果协商无果，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，并提交相关证据材料以支持你的主张。
   • 在仲裁过程中，你需要明确自己的仲裁请求，并围绕请求提供充分的证据来证明公司的行为已经违反了劳动法律法规。

综上所述，尽管你与公司签订了灵活用工协议，但如果实际履行中公司安排你按照全日制工作，且未能提供相应的劳动待遇，你仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁前，建议你先与公司进行协商，并准备好相关证据材料以支持你的主张。