结论前置：员工与分公司还是总公司存在劳动关系，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。如果分公司依法取得营业执照或登记证书，则员工与分公司存在劳动关系；若分公司未依法取得相关证照，则员工与总公司存在劳动关系。

详细分析：

1. 分公司依法取得营业执照或登记证书的情况：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条规定，分公司如果依法取得营业执照或者登记证书，具备与劳动者签订劳动合同的资格，可以作为独立的用人单位。
   • 实际表现：在这种情况下，员工直接受分公司管理，完成分公司安排的工作任务，并由分公司发放工资，因此员工与分公司之间存在明确的劳动关系。

2. 分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况：

   • 法律依据：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则不具备独立的用工主体资格。此时，分公司需要受总公司的委托才能与劳动者订立劳动合同。
   • 实际关系：尽管员工可能在分公司工作，但实际的用人单位是总公司。员工的招聘、管理、工资发放等均由总公司负责，因此员工与总公司之间存在劳动关系。

特殊场景：

• 如果员工是由总公司派驻至分公司的，并且总公司与员工之间的劳动合同中明确了派驻地点、工作职责要求、薪酬福利情况等，那么员工仍然与总公司存在劳动关系，即使他们实际在分公司工作。
• 分公司注销后，如果劳动者继续在分公司原工作场所工作，他们可以主张与总公司存在劳动关系，但这需要根据具体案例和法律规定来判断。

法律建议：

• 在与分公司或总公司签订劳动合同时，劳动者应仔细核实对方的法律地位和经营资格，明确用人单位是分公司还是总公司，以确保自己的合法权益不受损害。
• 如遇劳动争议，劳动者应及时寻求法律援助，通过合法途径维护自己的权益，可以向我咨询具体的法律问题。

综上所述，与分公司签订劳动合同是否与总公司有劳动关系，需要根据分公司的法律地位和经营资格，以及劳动合同的具体内容来判断。