被公司控告职务侵占，应首先判断自身是否存在违法行为，若无愧于心，则应积极向公安部门澄清并配合调查；若存在违法，则应主动投案并退还所得。具体处理方式如下：

一. 判断自身行为

1. 无愧于心：若你并未实施职务侵占行为，面对公司的控告，你无需过度忧虑，而应保持冷静，准备相关证据材料以证明自己的清白。
2. 存在违法：若你确实存在职务侵占行为，建议你主动投案自首，退还所侵占的财物，并争取公司的谅解，以减轻法律责任。

二. 配合公安部门调查

1. 报案与接受：根据《刑事诉讼法》第一百一十条，你有权利也有义务向公安机关报案或举报。公安机关对于报案都会接受，并会进行后续处理。
2. 陈述事实：在配合公安部门调查时，你应诚实完整地陈述所有事实及经过，以便公安部门能够全面了解情况，作出公正判断。

三. 法律后果

1. 无罪情况：若你并未实施职务侵占行为，且能够证明自己的清白，那么你将不会受到法律制裁。
2. 有罪情况：根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条，若你确实存在职务侵占行为，将可能面临有期徒刑、拘役、罚金等法律制裁。具体刑罚将根据你的侵占数额和情节严重程度来确定。

四. 建议

1. 保持冷静：面对公司的控告，保持冷静和理智是关键。不要惊慌失措，而应积极应对。
2. 收集证据：尽快收集能够证明自己清白的证据材料，如工作记录、财务凭证等。
3. 寻求帮助：如有需要，你可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。

综上所述，被公司控告职务侵占时，你应首先判断自身行为是否存在违法，然后积极配合公安部门的调查，并根据实际情况采取相应的应对措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。