公司发现员工职务侵占行为后，可依法通过内部处理与外部追责相结合的方式维护权益，具体处理方式需结合侵占金额、情节及公司制度综合判断。以下从法律程序、公司内部管理、刑事追责三个维度展开说明：

一、公司内部处理程序（非刑事阶段）

1. 调查取证

   • 立即固定证据：包括财务记录、合同、转账凭证、监控录像、证人证言等，确保证据链完整（如侵占资金流向、物品去向）。
     
   • 委托第三方审计：若涉及复杂财务问题，可聘请会计师事务所出具专项审计报告，增强证据效力。
     
   • 法律依据：根据《刑事诉讼法》第50条，证据需满足客观性、关联性、合法性，公司自行收集的证据后续可能需经司法机关审查。

2. 内部纪律处分

   • 根据公司《员工手册》或《劳动合同》约定，可给予警告、记过、降职、解除劳动合同等处分。
     
   • 注意：若侵占行为已涉嫌犯罪（如金额达6万元以上），公司需谨慎处理解除程序，避免被认定为“违法解除”（如未提前通知工会、未送达书面决定等）。

3. 追偿经济损失

   • 要求员工返还侵占财物或赔偿损失，可通过协商、劳动仲裁或民事诉讼途径实现。
     
   • 示例：若员工已离职，公司可凭侵占证据直接向法院提起民事诉讼，主张返还财产或赔偿损失。

二、刑事追责程序（涉嫌职务侵占罪时）

1. 报案条件

   • 职务侵占罪立案标准为6万元以上（各省可能略有差异，以最新司法解释为准）。
     
   • 若金额未达刑事标准，公司可按《治安管理处罚法》第49条以“盗窃”或“诈骗”向公安机关报案，或通过民事途径解决。

2. 报案流程

   • 向公司所在地或犯罪行为发生地公安机关经侦部门报案，提交《刑事控告书》、证据材料及公司营业执照等文件。
     
   • 公安机关受理后将开展侦查，若证据充分将移送检察院审查起诉。

3. 刑事责任后果

   • 量刑标准：
     
     • 数额较大（6万元至100万元）：3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
       
     • 数额巨大（100万元以上）：3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金。
       
   • 特殊情形：若员工在提起公诉前退赃退赔，可酌情从宽处理（如减轻处罚或适用缓刑）。

三、公司风险防范建议

1. 完善内控制度

   • 建立财务审批分级制度，明确大额资金支出需多人签字或复核。
     
   • 定期盘点库存、核对账目，对关键岗位（如出纳、采购）实施轮岗制。

2. 加强法律培训

   • 定期组织员工学习《刑法》《公司法》中关于职务侵占、商业贿赂的条款，明确行为边界。
     
   • 签订《廉洁承诺书》，将合规要求纳入绩效考核。

3. 购买雇主责任险

   • 投保“员工忠诚保险”，在员工侵占导致损失时，由保险公司承担部分赔偿责任，降低公司损失。

行动建议：若公司已发现职务侵占行为，建议立即委托律师介入，协助调查取证、制定报案策略或谈判方案，避免因程序瑕疵影响权益主张。如有进一步细节（如侵占金额、员工职位、是否已离职等），可向我补充说明，我将提供针对性分析。