在建设工程挂靠单位不配合的情况下，原告一般不能以自己个人名义起诉。具体分析如下：

在建设工程领域，挂靠关系通常指的是没有资质或资质较低的实际施工人借用有资质或资质较高的建筑施工企业的名义承揽工程。这种挂靠行为在法律上是被禁止的，因为它违反了《建筑法》中关于建筑施工企业应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程的规定。

1. 若挂靠方以自身名义进行活动：

   • 当挂靠方以自身名义将工程项目转包或与建筑材料设备供应商签订采购销售合同时，若产生纠纷，实际上的建设者或材料设备供应商主张被挂靠单位需对该合同义务负有责任，人民法院通常将不予以支持。这意味着，在这种情况下，挂靠方作为合同的实际当事人，应以其自身名义承担合同责任，而不能直接起诉被挂靠单位。

2. 若挂靠方以被挂靠单位名义进行活动：

   • 若挂靠方是以被挂靠单位之名进行上述操作，一般情况下，被挂靠单位需要为其所签订的合同承担相应责任。然而，如果实际施工者或材料设备供应商在签订合同时已经明确知晓挂靠关系的存在，且在此基础上向挂靠方提出合同责任主张，那么挂靠方就必须承担相应的责任。在这种情况下，虽然挂靠方可能以被挂靠单位的名义进行了活动，但因其行为已被对方知晓并认可，故仍应由挂靠方自身承担责任。

综上所述，在建设工程挂靠单位不配合的情况下，原告一般不能以自己个人名义起诉被挂靠单位。如果挂靠方与实际施工者或材料设备供应商之间产生纠纷，应根据具体情况分析合同责任的承担主体，并据此确定诉讼的主体和方式。如有进一步的法律问题或需要详细的法律建议，请直接向我咨询。