在工程挂靠纠纷中，通常应以被挂靠单位的名义起诉，但具体还需根据实际施工人的身份及案件具体情况来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、以被挂靠单位名义起诉的一般情况
在工程挂靠关系中，挂靠人（即实际施工人）往往没有相应的施工资质，因此借用有资质的被挂靠单位的名义承揽工程。当工程出现纠纷，如工程款支付、工程质量等问题时，从合同相对性的角度来看，合同是签订在被挂靠单位与发包方（或业主）之间的，因此，以被挂靠单位的名义起诉发包方，是符合合同相对性原则的。
二、实际施工人直接起诉的特殊情况
尽管一般情况下应以被挂靠单位的名义起诉，但在某些特殊情况下，实际施工人也可以直接起诉发包方。这主要依据的是《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定。具体来说：
实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的：如果实际施工人能够证明其与转包人或违法分包人之间存在事实上的建设工程施工合同关系，且该合同无效（如因挂靠导致），但建设工程经验收合格的，实际施工人可以请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。在这种情况下，实际施工人可以直接起诉转包人或违法分包人。
实际施工人以发包人为被告主张权利的：在转包人或违法分包人怠于向发包人行使到期债权，或者发包人欠付转包人或违法分包人工程价款，对实际施工人造成损害的情况下，实际施工人可以以发包人为被告主张权利。但此时，发包人仅在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。
三、起诉时的注意事项
证据收集：无论是以被挂靠单位的名义起诉还是实际施工人直接起诉，都需要收集充分的证据来证明挂靠关系的存在、合同的履行情况以及纠纷的具体事实。这些证据可能包括挂靠协议、施工合同、工程款支付记录、工程质量验收报告等。
法律程序：起诉前应了解相关的法律程序，包括起诉状的撰写、证据的提交、法院的管辖等。必要时，可以寻求专业律师的帮助，以确保起诉的顺利进行。
诉讼风险：起诉前应评估诉讼风险，包括胜诉的可能性、执行难度等。如果诉讼风险较大，可以考虑通过协商、调解等方式解决纠纷。
四、建议
在处理工程挂靠纠纷时，建议首先咨询专业律师，对案件进行全面的评估和分析。律师可以根据案件的具体情况，提供针对性的法律建议和诉讼策略，以帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
如果您在工程挂靠纠纷中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。