针对您提出的“如何起诉工程挂靠公司”这一问题，首先需要明确的是，起诉通常是在已经发生法律纠纷且希望通过司法途径解决时采取的行动。而在此之前，更常见且有效的做法是举报工程挂靠行为，因为工程挂靠本身是违法的，且举报能够促使相关部门及时介入调查，维护建筑市场秩序。不过，若您已经掌握了充分的证据，并决定通过法律途径追究工程挂靠公司的责任，以下是一些关键步骤和建议：

一、明确起诉对象与诉求

1. 确定起诉对象：明确是哪家工程挂靠公司侵犯了您的权益，是作为被挂靠方的正规企业，还是实际进行挂靠施工的无资质或低资质单位/个人。
2. 明确诉求：根据您的具体情况，确定是要求赔偿损失、确认合同无效、还是要求其他法律救济。

二、收集并整理证据

1. 证明挂靠关系的证据：如挂靠协议、合作协议等，这些文件能够直接证明工程挂靠关系的存在。
2. 资金往来记录：银行转账记录、收据等，能够显示工程款的实际流转情况，证明资金并未按照正规合同流程进行。
3. 人员信息资料：劳动合同、社保缴纳记录等，若实际施工人员并未在被挂靠企业签订劳动合同或缴纳社保，这可作为证明挂靠关系的重要证据。
4. 施工过程资料：施工日志、会议纪要、现场照片或视频等，这些资料能够显示实际施工主体与名义承包企业不符的情况。
5. 其他相关证据：如工程质量问题报告、安全事故报告等，若因工程挂靠导致质量问题或安全事故，这些报告也是重要的证据。

三、选择适当的法律途径

1. 民事诉讼：如果工程挂靠行为给您造成了经济损失，您可以向法院提起民事诉讼，要求赔偿损失。在起诉时，需要提交起诉状、证据材料等，并按照法院的要求缴纳诉讼费。
2. 行政投诉与举报：在提起民事诉讼的同时或之前，您也可以向当地的建设行政主管部门、招投标管理机构等举报工程挂靠行为。这些部门有权对违规行为进行调查处理，并可能给予行政处罚。
3. 刑事报案：如果工程挂靠行为涉嫌犯罪，如诈骗、行贿受贿等，您可以向公安机关报案，要求追究刑事责任。

四、起诉过程中的注意事项

1. 确保证据真实有效：所有提交的证据材料必须真实、合法、有效，能够形成完整的证据链，以支持您的诉求。
2. 遵守法律程序：在起诉过程中，需要严格遵守法律程序，如提交起诉状、参加庭审等。如有需要，可以聘请专业律师代理诉讼。
3. 保护个人信息和安全：在举报和起诉过程中，要注意保护个人信息和安全，避免泄露敏感信息或受到不必要的骚扰。

五、跟进案件处理进度

在起诉后，应通过适当方式了解案件的处理进度，如与法院联系、查询案件信息等。这有助于及时了解案件是否受理、是否展开调查以及调查的大致进展情况。

六、寻求法律咨询与援助

如果您在起诉过程中遇到任何困难或问题，可以向专业律师咨询或寻求法律援助。律师能够提供专业的法律意见和指导，帮助您更好地维护自己的合法权益。

最后需要强调的是，虽然起诉是一种有效的法律救济途径，但举报工程挂靠行为同样重要且往往更为直接有效。因此，在决定起诉之前，建议您先考虑向相关部门举报工程挂靠行为，以促使问题得到更快的解决。