如果老板拿走了你的医院资料去做工伤鉴定，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是一些建议，帮助你应对这种情况：

首先，与老板进行沟通是首要步骤。你可以尝试与老板或公司的人力资源部门进行友好交流，明确表达你对这些资料的需求，以及它们对于你申请工伤认定和赔偿的重要性。在沟通过程中，建议保持冷静和理智，同时记录下沟通的时间、地点和具体内容，以备后续需要。

如果沟通无果，接下来你应该尽快收集资料的副本。这包括前往就诊的医院，凭本人身份证要求医院重新提供病历、诊断证明、检查报告等资料的副本，并确保这些副本加盖了医院的公章，以证明其真实性。同时，如果你之前已经向劳动保障行政部门提交过部分工伤申请资料，也可以联系该部门申请查阅并复制相关资料。

若老板仍然不归还你的资料，你可以考虑向当地的劳动监察部门投诉。在投诉时，你需要详细说明工伤发生的经过、资料被拿走的事实，并提交你能够提供的所有现有证据，如劳动关系证明、工伤情况说明等。劳动监察部门有权对企业进行调查，并可能责令企业交出被扣押的资料。

此外，即使部分资料缺失，你仍然可以在规定时间内向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。在申请过程中，你需要如实说明资料被老板拿走的情况，并尽可能提供其他能够证明工伤事实的材料。社会保险行政部门会根据你提供的信息和证据进行调查核实，并作出相应的工伤认定决定。

最后，如果在这个过程中你遇到了任何阻碍，或者与老板就工伤赔偿等问题产生了争议，寻求法律帮助是一个明智的选择。你可以咨询或聘请专业律师，他们将根据你的具体情况提供个性化的法律建议，并指导你如何收集证据、参与协商或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序，以维护你的合法权益。

总之，面对老板拿走你的医院资料去做工伤鉴定的情况，你需要保持冷静并采取积极的行动来维护自己的权益。通过与老板沟通、收集资料副本、向相关部门投诉、申请工伤认定以及寻求法律帮助，你将能够更好地保护自己的合法权益不受侵害。