针对您提出的问题，员工在公司死亡三年多才被发现且遗体已风化，想要起诉公司，我们可以从以下几个角度来分析可能的起诉理由：
劳动安全责任：
- 公司有责任为员工提供安全的工作环境。如果员工的死亡与公司的工作环境、安全设施或管理措施不到位有关，比如存在安全隐患未及时消除、未提供必要的劳动保护措施等，那么公司可能需要承担劳动安全责任。
雇主责任：
- 作为雇主，公司有义务关心员工的身心健康，及时发现并处理员工可能存在的问题。如果公司未能及时发现员工的异常情况（如失踪、生病等），或者未能采取适当措施防止类似事件的发生，那么可能需要承担一定的雇主责任。
侵权责任：
- 如果员工的死亡是由于公司的过错或疏忽行为直接导致的，比如公司违反了某项安全规定、未履行某项法定义务等，那么公司可能需要承担侵权责任。
管理失职：
- 公司管理层在员工管理、安全监督等方面可能存在失职行为，导致员工死亡后长时间未被发现。这种管理上的疏忽或失职也可能成为起诉公司的理由。
在准备起诉时，您需要收集相关证据来支持您的主张，比如员工的工作记录、公司的安全管理制度、现场勘查报告、医学鉴定报告等。同时，建议您咨询专业的律师来评估案件的可行性、制定诉讼策略，并代理您进行诉讼。
请注意，每个案件的具体情况都有所不同，起诉理由和证据也会因案而异。因此，在决定起诉之前，最好先咨询专业的律师进行详细的法律咨询和评估。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。