被申请人在仲裁笔录中同意做司法鉴定，但事后却毁灭被鉴定标的物，这将可能承担严重的法律后果。

1. 违反仲裁程序与诚信原则：

   • 被申请人在仲裁过程中同意进行司法鉴定，意味着其认可了通过科学、公正的方式解决争议。事后毁灭被鉴定标的物，显然违反了仲裁的公正性和诚信原则，可能构成对仲裁程序的妨害。

2. 可能承担法律责任：

   • 根据相关法律法规，毁灭证据是违法行为。被申请人在明知需要司法鉴定的情况下，故意毁灭被鉴定标的物，可能构成毁灭证据罪，需要承担刑事责任。
   • 即使不构成犯罪，被申请人的行为也可能被视为妨碍民事诉讼或仲裁的行为，从而受到相应的法律制裁，如罚款、拘留等。

3. 对仲裁结果的影响：

   • 被申请人毁灭被鉴定标的物的行为，可能导致司法鉴定无法进行，进而使得仲裁庭无法准确判断争议事实。在这种情况下，仲裁庭可能会根据现有证据和法律规定，对被申请人作出不利裁决。
   • 此外，被申请人的此类行为也可能被视为放弃了对相关事实的举证权利，从而承担举证不能的法律后果。

4. 法律建议：

   • 如果你作为申请人，面对被申请人毁灭被鉴定标的物的情况，应及时向仲裁庭报告，并请求仲裁庭采取相应的法律措施，如要求被申请人承担法律责任、推定相关事实等。
   • 同时，你也可以考虑收集其他相关证据，以证明你的主张，并尽可能降低因被申请人行为而对你造成的不利影响。

综上所述，被申请人在仲裁笔录中同意做司法鉴定但事后毁灭被鉴定标的物的行为，不仅违反了仲裁程序和诚信原则，还可能承担严重的法律责任。因此，建议你在面对此类情况时，及时采取措施保护自己的合法权益。