公司实行综合工时制是合法的，但前提是需要经过劳动行政部门的批准。以下是具体的分析：
一. 合法性分析
- 一般情况：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行的是劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工时制度的规定。
- 特殊情况：然而，根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，如果企业因生产特点不能实行标准工时制度，那么经过劳动行政部门的批准，可以实行其他工作和休息办法。这意味着，在特定条件下，企业可以实行综合工时制。
二. 综合工时制的实施条件
- 综合工时制的实施并非随意，而是需要企业根据自身的生产特点，并且经过劳动行政部门的批准。这一规定确保了综合工时制的合法性，并保护了劳动者的权益。
三. 综合工时制的影响
- 对于劳动者而言，综合工时制可能带来更加灵活的工作时间安排，但同时也可能影响到其休息和加班的计算。因此，在实行综合工时制时，企业应确保劳动者的合法权益得到保障，如合理安排工作时间、支付加班费等。
我建议：公司在实行综合工时制前，应确保已经获得了劳动行政部门的批准，并且严格按照相关法律法规的规定来执行，以保障劳动者的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。