您好，关于综合工时制如何合规的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、综合工时制的设立依据

综合工时制是根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定设立的，它允许企业因生产特点不能实行标准工时制度（即每日工作8小时，每周工作40小时）时，经劳动行政部门批准，采取其他工作和休息办法。这是为了适应不同行业、不同岗位的工作特性，确保企业生产和职工休息的平衡。

二、综合工时制的适用条件

综合工时制主要适用于以下行业和岗位：

1. 交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的劳动者；
2. 地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分劳动者；
3. 其他因生产工作需要，适合实行综合计算工时工作制的劳动者。

三、综合工时制的合规要点

1. 申请审批：企业需向当地劳动行政部门提出申请，并提交相关材料，如企业法人营业执照、组织机构代码证复印件、岗位申报表及岗位说明、工会或职工代表大会意见、劳动合同备案复印件等。经审查符合条件的，劳动行政部门将办理批复。

2. 工作时间计算：综合工时制以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。超出部分应视为延长工作时间，并按照规定支付加班费。

3. 休息休假：企业应在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采取轮休调休等方式，确保职工的休息、休假权利。例如，可以安排职工在周期内集中工作、集中休息，或者根据生产任务灵活安排工作时间和休息时间。

4. 公示告知：企业应对实行综合工时制的员工进行公示，告知其工作时间、休息休假安排等相关事项，确保员工的知情权。

5. 有效期管理：综合工时制的有效期一般由劳动行政部门在批复中明确，期满后如需继续实行，企业应按规定再次申报。

四、案例参考

以贵港市人力资源和社会保障局的行政许可决定书为例，该决定书同意了广西贵港市华隆超市有限公司部分岗位实行以月为计算周期的综合计算工时工作制。这表明，只要企业符合相关条件并经过审批，就可以合法实行综合工时制。

五、建议

1. 企业在实行综合工时制前，应充分了解相关法律法规和政策要求，确保合规操作。
2. 企业应与职工充分沟通，听取职工意见，确保综合工时制的实施得到职工的理解和支持。
3. 企业应建立健全相关管理制度，明确工作时间、休息休假等事项，确保职工的合法权益得到保障。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。