关于“合同约定措施费包干，实际过程中政府文件部分取消，结算时是否要扣除”的问题，我的结论是：需要具体分析合同条款及政府文件性质，来确定结算时是否应扣除相关费用。
合同条款解读：
- 首先，我们要仔细审查合同中的相关条款，特别是关于措施费包干的具体约定。措施费包干通常意味着在合同约定的范围内，这部分费用是固定不变的，不因外界因素（如政府文件调整）而发生变化。
- 然而，如果合同中明确规定了某些特定情况下（如政府政策调整）可以对措施费进行调整或扣除，那么我们就需要按照合同约定的条款来执行。
政府文件性质分析：
- 接下来，我们要分析政府文件取消的具体内容及其性质。如果政府文件的取消是针对某项特定政策或规定，且该政策或规定直接影响了合同中约定的措施费项目，那么我们就需要考虑在结算时扣除相关费用。
- 但如果政府文件的取消只是针对某些行业或地区的普遍性调整，并未直接涉及合同中约定的措施费项目，那么我们就不能简单地以此为由扣除措施费。
综合判断：
- 在综合考虑合同条款及政府文件性质后，我们可以得出一个更为准确的结论。如果合同中没有明确约定政府文件取消时措施费的处理方式，且政府文件的取消并未直接影响合同中约定的措施费项目，那么我们就应该按照合同原定的措施费包干进行结算。
- 反之，如果合同中有明确约定或政府文件的取消直接影响了措施费项目，那么我们就需要按照合同约定的条款或实际情况进行扣除。
综上所述，对于“合同约定措施费包干，实际过程中政府文件部分取消，结算时是否要扣除”的问题，我们不能一概而论，而是需要根据具体的合同条款及政府文件性质来做出判断。如果你在这方面遇到了具体的法律问题或纠纷，欢迎随时向我咨询，我会为你提供更详细、更专业的法律建议。