关于自然资源行政处罚在新法旧法交替时的适用问题，我们可以根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定来明确。

首先，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十七条的规定：“实施行政处罚，适用违法行为发生时的法律、法规、规章的规定。”这一原则明确了行政处罚应当基于违法行为发生时的法律法规来进行。

然而，也存在特殊情况。同样依据该法条，如果“作出行政处罚决定时，法律、法规、规章已被修改或者废止，且新的规定处罚较轻或者不认为是违法的，适用新的规定。”这意味着，在行政处罚决定作出时，如果相关法律法规已经发生了变化，并且新的规定对当事人更为有利（即处罚较轻或不视为违法），那么应当适用新的法律法规。

以您提到的自然资源行政处罚为例，如果违法行为发生在新法实施之前，原则上应当适用旧法。但是，如果在行政处罚决定作出时，新法已经实施，并且新法对该违法行为的处罚较轻或者不认为是违法，那么就应当适用新法。

综上所述，自然资源行政处罚在新法旧法交替时的适用，需要依据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，并结合具体情况来判断。如果违法行为发生时的法律法规与行政处罚决定作出时的法律法规不一致，应当遵循“从旧兼从轻”的原则，即原则上适用旧法，但如果新法更有利，则适用新法。