针对违法占地行为一直持续时适用新法还是旧法的问题，结论是：一般情况下，违法占地行为持续时，应适用行为终了时有效的法律，即新法；但若新法不具有溯及力且旧法规定更有利于行为人时，可能适用旧法。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律适用的一般原则：从新兼从轻
在法律适用上，通常遵循“从新兼从轻”的原则。这意味着，当违法行为持续至新法生效后，原则上应适用新法。这是因为新法往往反映了最新的社会需求和法律精神，更符合当前的社会治理要求。同时，“从轻”原则也体现了法律的公平性和合理性，即如果新法对违法行为的处罚轻于旧法，则应适用新法，以减轻行为人的法律责任。
二、违法占地行为的法律适用分析
行为持续至新法生效后：
- 如果违法占地行为在新法生效前已经开始，并且一直持续到新法生效后，那么根据“从新兼从轻”的原则，应适用新法。这是因为行为终了时（即新法生效后）有效的法律是新法，且新法可能对违法行为的认定、处罚等方面有新的规定。
新法不具有溯及力：
- 法律一般不具有溯及力，即新法不能对其生效前的行为进行处罚。但是，如果违法占地行为持续至新法生效后，且新法对该行为有明确规定，那么应适用新法。不过，如果新法规定更重，而旧法规定更有利于行为人（如处罚更轻或没有处罚），且新法没有明确规定可以溯及既往，那么在实际操作中，可能会考虑适用旧法中更有利于行为人的规定。但这种情况较为特殊，需要具体分析新法的规定和立法意图。
新旧法规定对比：
- 在适用法律时，还需要对比新旧法的规定。如果新法对违法占地行为的处罚更轻或提供了更合理的解决方案（如允许补办手续、缴纳罚款后合法化等），那么应适用新法。反之，如果旧法规定更有利于行为人，且新法没有明确规定可以溯及既往，那么可能会考虑适用旧法。但这种情况需要谨慎处理，因为通常法律会倾向于保护公共利益和社会秩序。
三、具体案例与法律条文参考
- 具体案例：假设某人在旧法生效期间违法占用了农村土地，且该行为一直持续到新法生效后。如果新法规定了对该类违法行为的更严厉处罚，但同时也提供了补办手续、缴纳罚款后合法化的途径，那么行为人应按照新法的规定进行处理。
- 法律条文参考：虽然无法直接引用具体的法律条文（因为涉及新旧法的对比和适用问题），但可以根据《中华人民共和国立法法》等相关法律的原则和精神进行推断。立法法通常规定，法律、行政法规、地方性法规等不溯及既往，但为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益而作的特别规定除外。
四、建议与注意事项
- 及时咨询专业律师：由于法律适用问题复杂且涉及具体案情，建议行为人在面临违法占地行为持续至新法生效后的情况时，及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。
- 关注法律动态：行为人应关注相关法律的动态变化，及时了解新法的规定和立法意图，以便在违法行为持续时做出正确的法律判断。
- 积极配合调查与处理：无论适用新法还是旧法，行为人都应积极配合相关部门的调查与处理工作，如实陈述事实、提供证据材料，并按照法律的规定承担相应的法律责任。
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