关于工程合同中约定就工程款有争议的向法院申请鉴定条款的效力，我们可以从以下几个方面进行分析：

结论前置

该条款通常被视为有效，但其具体效力还需根据合同条款的具体内容、相关法律法规以及实际案件情况来综合判断。

详细分析

1. 合同条款的合法性：

   • 工程合同中约定就工程款有争议时向法院申请鉴定的条款，本质上是一种争议解决机制的约定。
   • 只要该条款不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的合法权益，且是双方真实意思的表示，通常应认定为有效。

2. 鉴定的法律地位：

   • 在诉讼过程中，法院有权根据当事人的申请或依职权委托鉴定机构对工程款等专门性问题进行鉴定。
   • 鉴定意见作为证据的一种，对法院认定案件事实具有重要参考价值。

3. 条款的实际操作：

   • 当工程款发生争议时，双方可依据合同条款向法院提出申请，请求法院委托鉴定机构进行鉴定。
   • 法院会根据案件情况，决定是否同意鉴定申请，并选定合适的鉴定机构。

4. 可能的风险与应对：

   • 鉴定过程可能耗时较长，影响案件处理效率。因此，双方在签订合同时应充分考虑这一点，并尽量通过其他方式（如协商、调解等）解决争议。
   • 鉴定结果可能不完全符合双方的预期。此时，双方应尊重鉴定意见，并依据法律规定进行后续处理。

5. 法律法规的支持：

   • 《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规为法院委托鉴定提供了法律依据。
   • 这些法律法规确保了鉴定程序的合法性和鉴定意见的权威性。

综上所述，工程合同中约定就工程款有争议的向法院申请鉴定条款，在符合法律法规的前提下，通常被视为有效。然而，在实际操作中，双方应充分考虑鉴定的时间成本和可能的结果，并尽量通过其他方式解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。