针对您提出的“工程司法鉴定报告中列明争议项，法院怎么认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确鉴定机构与法院之间的关系。鉴定机构是接受法院的委托，对案件中的专门性问题进行鉴定，并出具鉴定报告。因此，鉴定机构在出具报告时，应当遵循法院的指示和要求，对争议项进行客观、公正的鉴定，并列出相关意见。
当工程司法鉴定报告中列明争议项时，法院会根据以下步骤进行认定：
审查鉴定程序的合法性：法院会首先审查鉴定程序是否合法，包括鉴定机构的资质、鉴定人员的资格、鉴定过程的合规性等。只有程序合法的鉴定报告，才能作为法院认定案件事实的依据。
评估争议项的合理性和必要性：对于报告中列明的争议项，法院会评估其合理性和必要性。这包括审查争议项是否确实存在、是否对案件处理有实质性影响、以及是否有必要进行专门鉴定等。如果争议项不合理或不必要的，法院可能会不予采纳。
听取当事人意见：法院在认定争议项时，会充分听取当事人的意见。当事人可以对鉴定报告中的争议项提出异议，并提供相关证据进行反驳。法院会根据当事人的意见和证据，对争议项进行进一步的审查和判断。
结合其他证据进行综合判断：法院在认定争议项时，还会结合案件中的其他证据进行综合判断。这包括施工合同、施工图纸、工程签证单、工程结算单等相关资料。通过综合审查这些证据，法院可以更加全面地了解案件事实，并对争议项作出准确的认定。
依法作出裁判：最后，法院会根据审查结果和法律规定，对争议项作出裁判。如果争议项被认定为合理的，法院会将其作为案件事实的一部分，并据此作出相应的裁判结果。
综上所述，当工程司法鉴定报告中列明争议项时，法院会按照法定程序进行审查、评估、听取意见、综合判断，并最终依法作出裁判。因此，当事人在面对争议项时，应当积极提供证据进行反驳或支持，以维护自己的合法权益。