结论：建设工程合同中约定的仲裁条款，其效力问题需根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定来判断。若仲裁条款符合法律要求，则具有法律效力，双方应依约通过仲裁解决纠纷；若不符合，则可能被认定为无效，需通过其他途径解决。
仲裁条款效力的法律依据与基本原则
根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，有效的仲裁协议应当包含以下三个要素：
- 请求仲裁的意思表示：即双方当事人明确表示愿意通过仲裁方式解决纠纷。
- 明确的仲裁事项：即仲裁条款应明确约定哪些争议事项属于仲裁范围。
- 选定的仲裁委员会：即双方应明确指定一个具体的仲裁委员会来处理纠纷。
这三个要素是判断仲裁条款有效性的关键，缺一不可。
仲裁条款效力的确认途径
仲裁委员会决定：
- 当双方对仲裁条款的效力产生争议时，任何一方均可向约定的仲裁委员会提出确认申请。
- 仲裁委员会将依据相关法律法规及仲裁规则，对仲裁条款的有效性进行审查，并作出决定。
- 示例：甲乙双方签订的建设工程合同中约定了仲裁条款，后双方对其效力有异议。甲方可以向约定的仲裁委员会申请确认仲裁条款的效力，仲裁委员会将依法进行审查并作出决定。
法院裁定：
- 当事人同样有权请求人民法院对仲裁条款的效力作出裁定。
- 当一方请求仲裁委员会决定，另一方请求人民法院裁定时，由人民法院进行最终裁定。这体现了司法对仲裁的监督作用。
- 示例：在上述甲乙双方的争议中，如果乙方不同意仲裁委员会的决定，可以向人民法院申请裁定仲裁条款的效力。法院将根据相关法律规定和实际情况，对仲裁协议的效力进行综合评估并作出裁定。
仲裁条款的有效性与实际影响
有效性判断：
- 仲裁条款需满足双方自愿、仲裁事项明确、选定仲裁委员会等要件方为有效。
- 如果仲裁条款存在瑕疵，如未选定仲裁委员会或仲裁事项不明确，其效力可能受到质疑。
实际影响：
- 若仲裁条款被认定为有效，则建设工程合同纠纷将按照仲裁程序进行处理，双方应遵守仲裁裁决。
- 若被认定为无效，则当事人需通过诉讼等其他方式解决纠纷。
- 仲裁委员会或法院的决定/裁定将直接确定纠纷的解决途径，对当事人具有法律约束力。
特殊情况与注意事项
- 仲裁条款的独立性：根据《中华人民共和国仲裁法》第十九条，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。这意味着即使建设工程合同本身存在问题，也不影响仲裁条款的效力。
- 仲裁条款的书面形式：根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，仲裁协议必须采用书面形式。口头约定的仲裁条款是无效的。
- 仲裁条款的排除诉讼效力：一旦仲裁条款被认定为有效，当事人就排除了通过诉讼解决纠纷的可能性，必须按照仲裁程序进行处理。
总结与建议
在建设工程合同中约定仲裁条款时，双方应谨慎制定，确保仲裁条款符合法律要求，明确、具体且无歧义。如果双方对仲裁条款的效力产生争议，可以通过仲裁委员会或法院来确认其效力。作为专业律师，我建议你在签订建设工程合同时，务必咨询专业法律人士，以确保仲裁条款的合法性和有效性。如果你有任何关于建设工程合同或仲裁条款的法律问题，欢迎直接向我咨询。