二级建造师离职后，若原单位不配合注销证书，可申请“跨企业注销”。具体处理方式如下：

一. 申请跨企业注销的流程

1. 提交个人申请：首先，你需要向原聘用企业提出注销申请，并上传与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。这些证明材料可以是原单位解聘证明/解聘协议书，或者是用于认定解除劳动关系的劳动仲裁书+双方送达通知书，又或者是用于认定解除劳动关系的法院判决书+生效证明。
2. 等待原聘用企业反馈：个人上报注销业务后，业务会在原聘用企业系统停留7日。在这7日内，如果原聘用企业没有提供书面反对意见和相关证明材料，那么建设主管部门将进一步办理注销手续。
3. 主管部门审核：如果原聘用企业在7日内未提出异议，建设主管部门将审核你的申请材料。审核通过后，将予以办理注销手续。

二. 法律依据

• 根据《注册建造师执业管理办法》(建市〔2008〕48号)第十九条规定，注册建造师要求注销注册或变更注册的，应当提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。建设主管部门经向原聘用企业核实，聘用企业在7日内没有提供书面反对意见和相关证明材料的，应予办理注销注册或变更注册。
• 同时，《四川省二级建造师注册实施办法》第二十四条也明确规定，聘用企业与注册建造师解除劳动合同关系后，注册建造师本人可以向省级主管部门提出注销申请。如果聘用企业无故不出具注销注册相关证明材料，注册建造师可向本辖区住房城乡建设行政主管部门申请注销注册。

我建议，在申请跨企业注销时，确保提供的解除劳动关系证明材料真实有效，并密切关注主管部门的审核进度。如有进一步需要，您可以继续咨询我。