农民工在手写完结清证明但老板未实际支付工资的情况下，应当通过法律途径来维护自己的合法权益。具体分析如下：

一. 申请劳动仲裁或提起诉讼

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，发生劳动争议后，当事人可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
2. 应用情境：在本案例中，尽管农民工手写了结清证明，但如果老板未实际支付工资，这仍然构成劳动争议。农民工可以依据上述法律规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求老板支付拖欠的工资。如果仲裁结果不满意，还可以进一步向人民法院提起诉讼。

二. 证据收集与保留

• 尽管农民工已经手写了结清证明，但如果这并非其真实意愿的表达，或者是在未收到工资的情况下被迫签订的，那么这份证明在法律上可能并不具有完全的效力。农民工应当尽可能收集其他证据，如与老板的聊天记录、通话录音、其他工人的证言等，以证明老板实际并未支付工资。

三. 法律程序与救济

• 在申请劳动仲裁或提起诉讼前，农民工也可以考虑先向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对老板进行调查和处理。如果劳动监察部门的处理结果不满意，再转向劳动仲裁或诉讼。
• 如果农民工在仲裁或诉讼中获胜，老板不仅需要支付拖欠的工资，还可能面临法律上的处罚。

我建议，农民工在面临此类情况时，应当积极收集证据，并尽快通过法律途径来维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。