公司无法提供考勤记录，但与员工协商好支付加班费是可以的。不过，这种情况下的加班费支付需要基于双方的协商一致，并且确保支付标准和方式符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《劳动争议调解仲裁法》第六条，发生劳动争议时，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。如果与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。这意味着，如果公司无法提供考勤记录，而员工主张加班费，公司在无法提供证据反驳的情况下，可能需要承担支付加班费的责任。

2. 考勤记录与加班费的关系：

   • 考勤记录通常是证明员工是否加班的重要依据之一，但它并非唯一证据。即使公司无法提供考勤记录，如果双方能够协商一致，并且公司愿意支付加班费，那么这并不影响加班费的支付。
   • 需要注意的是，考勤卡只能证明员工在单位，不能单独作为加班的证据。因此，在缺乏考勤记录的情况下，双方应基于其他证据（如工作记录、邮件往来等）来协商确定加班费的支付。

3. 协商支付加班费的有效性：

   • 双方协商一致支付加班费是有效的，但应确保协商过程合法、公正，且支付标准和方式符合相关法律法规的规定。
   • 如果协商过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或者支付标准低于法定标准，那么这种协商将是无效的。

4. 建议与注意事项：

   • 对于公司而言，建立完善的考勤制度和管理体系是非常重要的，这有助于避免类似的纠纷和争议。
   • 对于员工而言，在主张加班费时，应尽可能提供其他证据来支持自己的主张，如工作记录、邮件往来等。
   • 双方在协商支付加班费时，应明确支付标准、支付方式和支付时间等细节，并签订书面协议以确保双方权益。

综上所述，公司无法提供考勤记录时，与员工协商好支付加班费是可以的。但双方应确保协商过程合法、公正，并签订书面协议以明确相关细节和权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。