公司不能仅以学历造假为由辞退已入职三年的员工。针对此问题，我们分析如下：

一. 公司的行为分析

1. 入职时的知情与同意：公司在员工入职时已知其学历为虚假，但仍同意其入职。这表明公司在当时对员工的实际能力或工作经验是认可的，或者出于其他考虑（如急需人手、员工的其他优势等）而决定录用。
2. 三年后的辞退：员工已在公司工作三年，期间公司未提出学历问题，而是在三年后以此为由辞退员工。这种做法可能涉及对员工权益的侵害。

二. 法律法规依据

1. 劳动法的保护：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，员工享有合法权益，包括不被无故辞退的权利。公司在员工入职后，不能仅凭学历造假这一理由（尤其是在已知情的情况下）就辞退员工。
2. 辞退的合法性：公司辞退员工必须基于合法、合理的理由，并遵循相应的程序。如果公司在员工入职时已知其学历为虚假，那么这一事实就不能作为后来辞退员工的合法理由。

三. 结论与建议

1. 结论：综上所述，公司不能以学历造假为由辞退已入职三年的员工，因为这一事实在员工入职时公司就已知情并同意。
2. 建议：如果公司确实想辞退该员工，应基于其他合法、合理的理由，并遵循相应的辞退程序。同时，员工也可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如与公司协商、申请劳动仲裁等。

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