关于“全部工程款以农民工工资代发怎么办”的问题，这实际上涉及到工程款支付与农民工工资发放的合规性问题。首先，我们要明确一点：工程款和农民工工资应当分别处理，不应将工程款直接以农民工工资的名义代发。以下是对此问题的详细分析：

1. 合规性风险：

   • 将工程款以农民工工资代发，可能违反相关的财务和税务规定，因为工程款和工资在会计处理和税务处理上是有所区别的。
   • 这样做也可能引发劳动法的合规问题，因为农民工的工资应当基于其实际的劳动付出和劳动合同约定进行支付。

2. 建议做法：

   • 明确区分工程款和工资：确保工程款和农民工工资在财务上清晰区分，分别进行核算和处理。
   • 合规支付工资：按照劳动合同和劳动法的规定，按时、足额支付农民工工资，并确保有完整的工资支付记录和凭证。
   • 合规处理工程款：工程款应当按照合同约定的方式和时间进行支付，并确保有合法的发票和收款凭证。

3. 应对措施：

   • 如果已经出现了将工程款以农民工工资代发的情况，建议立即进行整改，调整财务处理方式，确保合规性。
   • 如果因此产生了法律纠纷或税务问题，建议及时咨询专业律师或税务顾问，寻求专业的法律意见和税务筹划建议。

综上所述，全部工程款以农民工工资代发是不合规的，应当明确区分工程款和工资，并分别进行合规处理。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。