针对您提出的“交通事故合并工伤，停工留薪只发底薪吗”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工伤停工留薪期的工资待遇并非只发底薪。当职工因工作原因受伤或患职业病，需要暂停工作进行治疗时，单位应按照其正常工作时的工资福利待遇进行按月支付。这里的“正常工作的工资福利”是一个全面的概念，它涵盖了计时工资、计件工资、奖金、津贴以及补贴等多个方面，而不仅仅是底薪。

具体来说，原工资的计算一般是以工伤职工在遭受事故伤害前12个月的平均月工资来确定。这意味着，如果职工在受伤前的工资中包含了奖金、津贴等收入，那么在停工留薪期间，这些收入也应该被纳入考虑范围，并按照相应的比例进行支付。

现在，我们回到您的问题“交通事故合并工伤”这一特殊情况。在这种情况下，如果职工同时遭遇了交通事故并被认定为工伤，那么其停工留薪期的工资待遇仍然应遵循上述原则。即，单位应按照职工正常工作时的工资福利待遇进行支付，而不仅仅是底薪。

如果单位在实际操作中只发放了底薪，那么职工有权与单位进行协商，要求按照其正常工作时的工资福利待遇进行支付。如果协商无果，职工可以通过劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。

综上所述，对于“交通事故合并工伤，停工留薪只发底薪吗”的问题，答案是：不，停工留薪期的工资待遇并非只发底薪，而是应按照职工正常工作时的工资福利待遇进行支付。