关于“公司扣押证书被驳回怎么办”的问题，首先我们要明确的是，公司无权非法扣押员工的个人证书。如果公司扣押证书的行为被驳回，通常意味着公司的行为可能违反了相关法律法规或劳动合同的约定。以下是从多个角度给出的分析和建议：

1. 明确法律地位：

   • 证书通常属于员工的个人财产，公司无权非法扣押。
   • 如果公司扣押证书是基于某种管理需要，也应与员工协商并明确约定，且不能违反法律法规。

2. 分析驳回原因：

   • 仔细审查驳回决定，了解驳回的具体原因，如是否因为公司没有合法依据、程序不当或违反了劳动合同等。
   • 根据驳回原因，评估公司的行为是否构成侵权或违约。

3. 采取法律措施：

   • 如果公司的行为构成侵权或违约，员工可以与公司进行协商，要求公司立即返还证书，并赔偿因此造成的损失。
   • 如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁、诉讼，维护自己的合法权益。

4. 预防未来纠纷：

   • 员工应与公司明确约定证书的使用和管理方式，避免类似纠纷再次发生。
   • 员工应保留好相关证据，如劳动合同、扣押证书的证据、驳回决定等，以备不时之需。

5. 寻求专业帮助：

   • 如果员工在处理此类纠纷时遇到困难，可以寻求专业律师的帮助，获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，如果公司扣押证书被驳回，员工应首先明确自己的法律地位，分析驳回原因，然后采取相应的法律措施来维护自己的权益。同时，也要注意预防未来的类似纠纷，并寻求专业帮助以应对可能的法律问题。如果你需要进一步的法律咨询或帮助，请直接向我提问。