结论：公司违法扣押员工证书造成损失的，员工有权要求公司承担赔偿责任。具体赔偿范围和方式需根据实际情况确定，包括但不限于直接经济损失、间接经济损失以及可能的精神损害赔偿。
法律背景与解释：
证书的法律性质：
- 证书，尤其是职业资格证书或专业资质证书，是员工个人通过学习和考试获得的，具有人身专属性，属于员工的个人财产。公司无权非法扣押或占有。
公司违法扣押证书的法律责任：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，公司不得非法扣押员工的证件或财物。若公司违法扣押，员工有权要求公司返还，并可能因此遭受经济损失，公司应承担相应的赔偿责任。
赔偿范围：
- 直接经济损失：包括因证书被扣押而无法从事相关工作所导致的工资损失、奖金损失等。
- 间接经济损失：如因证书被扣押而错过的职业晋升机会、培训机会等，这些虽然难以直接量化，但也是员工因公司违法行为而遭受的实际损失。
- 精神损害赔偿：在极端情况下，如果公司的违法行为给员工造成了严重的精神损害，员工还有权要求精神损害赔偿。不过，这一部分的赔偿通常需要较高的证明标准，且数额相对有限。
举证责任：
- 员工在主张赔偿时，需要承担一定的举证责任，证明公司存在违法扣押证书的行为，以及自己因此遭受了经济损失。这可能需要提供相关的证据，如工资单、奖金发放记录、职业晋升机会的证明等。
法律建议：
与公司协商：
- 首先，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司返还证书并赔偿损失。在协商过程中，可以保留好相关的沟通记录，以备后续维权之需。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司改正违法行为，返还证书并赔偿损失。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，员工还可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司承担赔偿责任。在仲裁或诉讼过程中，需要提供充分的证据来证明自己的主张。
可能法律后果：
- 如果公司被认定存在违法扣押证书的行为，并因此给员工造成了经济损失，公司可能需要承担赔偿责任，包括返还证书、赔偿直接经济损失、间接经济损失以及可能的精神损害赔偿。
- 同时，公司还可能面临劳动监察部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。
示例说明：
假设某员工因公司违法扣押其职业资格证书，导致无法从事相关工作，进而遭受了工资损失和奖金损失。员工在与公司协商无果后，向劳动监察部门投诉并提供了相关证据。劳动监察部门调查后认定公司存在违法行为，并责令公司返还证书并赔偿员工的经济损失。如果公司不履行，员工还可以进一步提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。
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