当您提交劳动仲裁申请书后，老板发放了工资，这确实是一个需要谨慎处理的情况。以下是我为您提供的详细建议：

首先，要明确劳动仲裁的主要目的是处理劳动纠纷，并明确双方的权利义务关系。即使老板发放了工资，也不代表纠纷已经完全解决。因此，您需要仔细考虑是否继续仲裁程序。

接下来，您可以根据以下两种情况来做出决策：

1. 如果公司发放的工资数额及构成完全符合法律规定以及双方事先的约定，并且已经充分涵盖了您在申请仲裁中关于工资部分的诉求：

   • 在这种情况下，您可以考虑就工资这一项向仲裁机构申请撤回仲裁请求。
   • 撤回申请时，需要严格遵循仲裁机构的相关程序和要求，如提交书面的撤回申请等。
   • 请注意，一旦撤回申请被仲裁机构批准，就意味着您放弃了在工资这一方面通过仲裁途径解决纠纷的权利。

2. 如果公司发放的工资存在不足额、计算错误或不符合法律规定或约定的情况：

   • 在这种情况下，公司发放工资的行为并不会对仲裁程序产生影响，仲裁程序仍将继续进行。
   • 您可以在仲裁过程中详细说明工资发放存在的问题，并提供如工资条、银行流水等相关证据来支持您的主张。
   • 仲裁机构会依据双方提交的证据以及相关的法律规定，作出公正的裁决，要求公司补足差额部分，切实维护您的合法权益。

最后，无论您决定如何处理，都要确保您的决策是基于对自身权益的充分考量和保护。如果您在处理过程中遇到任何疑问或困难，建议及时咨询专业的法律人士或劳动仲裁机构以获取更具体的帮助和指导。