关于“不追究未签订劳动合同两倍工资差额协议是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
结论前置
不追究未签订劳动合同两倍工资差额的协议，其有效性取决于协议的具体内容、签订背景以及是否存在违反法律法规的强制性规定。若协议内容合法、双方自愿签订，且未违反法律法规的强制性规定，则该协议通常被认定为有效。然而，若协议存在违法情形，如胁迫、欺诈或违反法律法规等，则可能被认定为无效。
具体分析
协议的有效性基础：
- 自愿性：协议双方应基于自愿原则签订，不存在胁迫、欺诈等违法情形。
- 合法性：协议内容应遵守法律法规的强制性规定，不得违反劳动法、劳动合同法等相关法律法规。
- 明确性：协议应明确双方的权利义务，包括不追究两倍工资差额的具体范围和条件。
协议与法律法规的关系：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位未与劳动者签订书面劳动合同的，应支付两倍工资差额作为赔偿。这是法律对用人单位的惩罚性规定，旨在保护劳动者的合法权益。
- 然而，如果双方通过协议自愿放弃追究两倍工资差额的权利，且该协议未违反法律法规的强制性规定，那么该协议在法律上通常被认定为有效。这意味着劳动者在协议约定的范围内放弃了追究用人单位未签订劳动合同的责任。
协议的无效情形：
- 如果协议是在胁迫、欺诈等违法情形下签订的，那么该协议可能被认定为无效。
- 如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，如违反了劳动法关于最低工资标准、工作时间等规定，那么该协议同样可能被认定为无效。
实际案例的参考：
- 在实际案例中，法院或仲裁机构会根据协议的具体内容、签订背景以及法律法规的规定来判断协议的有效性。如果协议被认定为有效，那么劳动者将不能再次追究用人单位未签订劳动合同的两倍工资差额责任。
法律建议
在签订此类协议前，建议双方充分沟通并了解协议的法律后果。如果劳动者对协议内容存在疑问或不确定之处，可以咨询专业律师以获取法律意见。同时，用人单位也应遵守法律法规的规定，确保与劳动者签订合法的劳动合同，避免因此产生的法律风险。
综上所述，不追究未签订劳动合同两倍工资差额的协议在符合法律法规规定和双方自愿的前提下通常被认定为有效。但具体效力还需根据协议的具体内容和签订背景来判断。