当您个人申请协商离职但不通过时，您可以参考以下建议来处理：

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者是有权提前通知用人单位解除劳动合同的。具体来说，如果您不在试用期内，您需要提前三十日以书面形式通知用人单位；如果您在试用期内，则只需提前三日通知。这意味着，即使您的离职申请未获得批准，只要您按照法律规定提前通知了用人单位，您仍然可以在通知期满后离职。

当然，在离职过程中，与用人单位保持良好的沟通是非常重要的。您可以尝试与上级或人力资源部门进一步协商，了解他们不批准离职申请的具体原因，并看是否有解决的可能。也许通过沟通，您可以找到一个双方都能接受的解决方案。

如果沟通无果，且您已经按照法律规定提前通知了用人单位，但用人单位仍然拒绝办理离职手续或存在其他违法行为，那么您可以考虑向当地的劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会申请仲裁或投诉。在申请仲裁或投诉时，请准备好相关的证据材料，如离职申请书、与用人单位的沟通记录等，以便证明您的离职是合法的。

此外，还需要注意的是，如果您在离职申请中写明了因个人原因离职，并且与用人单位签署了离职协议，那么除非您能证明签署协议时存在被欺诈、胁迫等情形，否则一般很难再要求经济补偿金。因此，在签署离职协议前，请务必认真阅读协议条款，并确保协议内容真实、合法、有效。

总之，当您遇到个人申请协商离职不通过的情况时，不要慌张。先了解法律规定，再与用人单位进行沟通协商，并准备好相关的证据材料以备不时之需。如果无法解决问题，可以考虑向当地的劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会寻求帮助。