包工头被甲方恶意减扣导致结算时不够发工人工资，这是一个涉及劳动工伤中工资福利的复杂问题。以下是我从法律角度给出的全面分析：

1. 明确法律关系：

   • 包工头与甲方之间通常存在的是承揽合同关系或建设工程合同关系。
   • 工人与包工头之间则存在雇佣关系，包工头有义务按时足额支付工人工资。

2. 分析甲方恶意减扣的行为：

   • 甲方恶意减扣工程款可能构成违约行为，违反了与包工头之间的合同约定。
   • 若减扣行为无合理依据，包工头有权要求甲方按照合同约定支付全额工程款。

3. 包工头应对措施：

   • 与甲方协商：首先尝试与甲方进行沟通，明确减扣的原因，并要求提供合理的解释和依据。
   • 收集证据：保留所有与甲方的沟通记录、合同文本、结算单等证据，以备后续维权之需。
   • 法律途径：若协商无果，包工头可以依法向甲方提起诉讼或仲裁，要求支付被恶意减扣的工程款。

4. 工人工资保障：

   • 优先受偿权：在部分情况下，工人工资可能享有优先受偿权，即包工头在追讨工程款时，可以优先保障工人工资的支付。
   • 垫付与追偿：若包工头确实无法从甲方处获得足够款项支付工人工资，可能需要先行垫付，并随后通过法律途径向甲方追偿。

5. 法律建议：

   • 包工头在签订合同时应明确工程款的支付条款，包括支付时间、方式、金额等，以减少后续纠纷。
   • 遇到甲方恶意减扣时，应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。

综上所述，包工头在面对甲方恶意减扣导致结算时不够发工人工资的情况时，应首先明确法律关系，分析甲方行为，采取相应措施保障自己的合法权益，并优先保障工人工资的支付。如有需要，可以随时向我咨询具体的法律问题。