针对您提出的问题，关于公司员工手册违反劳动法的处理方式，我可以为您提供以下详细建议：

首先，一旦发现公司员工手册存在违反劳动法的情况，公司应当立即进行自查和整改。这是因为，员工手册作为公司内部管理的重要文件，其内容必须严格遵守国家法律法规，特别是劳动法及其相关规定。如果员工手册中的条款与劳动法相冲突，那么这些条款将失去法律效力，并可能给公司带来法律风险。

具体的处理步骤如下：

1. 明确违规内容：

   • 仔细审查员工手册，对照劳动法及其相关规定，明确哪些条款存在违规情况。
   • 评估这些违规条款可能对公司和员工造成的影响，以及可能引发的法律后果。

2. 进行整改：

   • 对违规条款进行修订或删除，确保员工手册的内容与劳动法保持一致。
   • 在修订过程中，可以寻求专业法律顾问的意见，以确保修订后的员工手册符合法律法规要求。
   • 将修订后的员工手册重新发布给全体员工，并确保他们充分了解和遵守。

3. 承担相应责任：

   • 如果因为员工手册的违规条款已经给员工造成了实质性伤害或损失，公司应当主动承担赔偿和补偿责任。
   • 这包括但不限于补足员工的加班费、薪酬、假期等福利待遇，以及可能产生的罚款等。

4. 加强内部管理和培训：

   • 加强对公司内部管理人员和员工的劳动法培训，提高他们的法律意识和合规意识。
   • 建立健全内部管理制度，确保员工手册和其他内部管理文件的合规性。

5. 应对可能的法律后果：

   • 如果因为员工手册的违规条款导致劳动争议或诉讼，公司应当积极应对，并依法承担相应的法律后果。
   • 在处理劳动争议或诉讼过程中，公司应当充分尊重员工的合法权益，并寻求公正、合理的解决方案。

总之，公司员工手册违反劳动法是一个严重的问题，需要公司高度重视并及时处理。通过自查、整改、承担相应责任、加强内部管理和培训等措施，公司可以确保员工手册的合规性，维护公司的合法权益，并促进公司的健康发展。