公司主动解除员工劳动合同时，原则上应即时结清并发放工资。但具体支付时间也可根据双方约定及公司的财务流程在合理期限内进行，前提是不违反法律法规的强制性规定。以下是对此问题的详细解析：

1. 法律原则明确：

   • 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位有义务在解除或终止劳动合同的同时一次付清劳动者工资。这一规定旨在保障劳动者的经济权益，确保其离职后能及时获得应有的劳动报酬。

2. 实践中的灵活性：

   • 尽管即时支付是基本原则，但在实际操作中，若双方有明确的约定，并且该约定不违背法律法规的强制性要求，公司可以在约定的时间和方式下支付工资。例如，因财务结算流程等原因，双方同意在辞退后的合理期限（如1-2个工作日）内支付工资，此约定同样具有法律效力。
   • 对于大型企业而言，由于财务制度和工资核算流程相对复杂，可能无法即时结清工资，但应在合理且不过长的时间内完成支付，以避免构成拖欠工资的违法行为。

3. 员工权益保护：

   • 为确保自身权益，被辞退员工应在离职前与公司就工资的结算方式和时间达成一致，并妥善保留相关证据和记录。如遇公司未在合理时间内支付工资，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维权。

4. 特殊情况的考虑：

   • 若公司因特殊原因（如财务困难、系统故障等）无法即时支付工资，应及时与员工沟通并说明情况，同时明确具体的支付时间和方式。
   • 在某些情况下，如员工存在过错导致被辞退，公司可能会根据劳动合同或公司规定扣除部分工资作为赔偿或违约金。但此扣除应合法合理，且需事先与员工沟通并征得同意。

综上所述，公司在辞退员工时，应遵循法律规定的基本原则，即及时支付工资。同时，考虑到实际操作的灵活性和公司财务流程的需要，双方可通过协商确定具体的支付时间和方式。重要的是，无论采取何种方式，都应确保员工的合法权益得到保障，避免因此产生不必要的法律纠纷。如您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。