当个人在申请工伤时遭遇公司不配合的情况，一般不需要直接报警处理。因为工伤认定主要属于劳动保障行政部门的职责范畴，并不在公安机关的常规管辖范围内。下面我会为你详细解释在这种情况下应该如何处理：

首先，你需要了解工伤认定的基本流程。在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，你可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时，需要准备一系列材料，包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料（如劳动合同、工作证、考勤记录等）、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书等。

如果公司不配合提交这些材料，或者劳动关系不明确（例如没有签订劳动合同），你可以先通过劳动仲裁来确定劳动关系，然后再申请工伤认定。劳动仲裁机构会根据你提供的证据和相关法律法规进行裁决，裁决结果具有法律效力。

在申请工伤认定的过程中，如果公司不配合导致现场混乱，或者存在对你不利的威胁等情况，这时可以报警。报警的作用主要是现场固定证据和维护秩序，警察可以拍照、做笔录等，这些证据可能对后续工伤认定有一定帮助。但请注意，报警并不能直接解决工伤认定及赔偿等问题。

如果公司不配合工伤赔偿，你可以采取以下措施：首先，收集好所有相关证据；其次，进行工伤认定申请；然后，进行劳动能力鉴定；接着，与公司协商赔偿事宜；如果协商不成，最后可以向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求公司按照工伤保险待遇给予赔偿。仲裁裁决生效后，如果公司还不履行，你可以向法院申请强制执行。

总之，虽然公司不配合做工伤认定和赔偿可能会给你带来一些困扰，但你有多种途径来维护自己的合法权益。建议你按照上述流程逐步操作，并寻求专业法律人士的帮助和支持。