当公司发现员工的毕业证是假的时，处理方式需要遵循相关法律法规，并确保处理过程的公正性和合法性。以下是一些具体的建议：
一、确认学历造假事实
详细调查：公司应首先进行详细的内部调查，确认员工的学历是否确实存在造假情况。这包括核对员工提供的毕业证书、学历证明等文件，以及通过正规渠道（如学信网）验证学历的真实性。
收集证据：在调查过程中，公司应收集充分的证据来证明员工的学历造假行为。这些证据可能包括虚假的毕业证书、学历查询结果、员工入职时提供的学历信息等。
二、依据法律法规处理
解除劳动合同：根据《劳动合同法》的规定，如果公司在劳动合同期内首次发现员工学历造假，并且公司有证据证明在招聘时对应聘者学历有明确要求的，那么公司可以依法解除劳动合同，且无需支付经济补偿金或赔偿金。这是因为学历造假属于以欺诈手段订立劳动合同的情形，应属无效。
避免违法解除：需要注意的是，如果公司在员工入职后发现学历造假，但未及时处理，此后再以员工提供虚假学历为由解除劳动关系的，则可能属于违反解除，需要支付赔偿金。因此，公司应及时处理学历造假问题，避免后续的法律风险。
三、考虑其他法律责任
行政责任和民事责任：虽然购买和使用假学历目前尚不构成刑事责任，但员工可能需要承担相应的行政责任和民事责任。例如，公司可以要求员工赔偿因学历造假给公司造成的损失。
不良征信记录：随着国家征信系统的建立，使用假学历可能会终身记入征信档案，对员工未来的职业发展产生严重影响。
四、预防与应对
加强招聘审核：为了避免学历造假问题的发生，公司应加强招聘过程中的学历审核工作。可以通过正规渠道验证应聘者的学历信息，确保招聘到的人员具备真实的学历背景。
建立举报机制：公司可以建立举报机制，鼓励员工之间相互监督，及时发现并举报学历造假行为。
加强员工教育：公司可以加强对员工的诚信教育，让员工了解学历造假带来的严重后果，提高员工的诚信意识。
综上所述，当公司发现员工的毕业证是假的时，应依据相关法律法规进行处理，并确保处理过程的公正性和合法性。同时，公司也应加强招聘审核、建立举报机制和加强员工教育等工作，预防学历造假问题的发生。